Ok, donc si ton architecture ressemble à :
soosyze/ (point d'entrée de ton Sous Domaine => soosyze.domaine.fr )
├── app/
│ └── theme/
│ └── MonTheme
│ └── html.php
└── MesScripts
└── script.js
Il te suffit d'ajouter une balise <script> dans le <head> de la template html.php qui ressemblera à :
<script src="<?php echo $base_path; ?>MesScripts/script.js"></script>
Et si tes scripts sont inclus dans ton thème il suffit d'utiliser la variable $base_theme.
Par contre si tu as une architecture telle que celle-ci :
domaine/ (point d'entrée de ton Domaine => domaine.fr )
├── soosyze/ (point d'entrée de ton Sous Domaine => soosyze.domaine.fr )
│ └── theme/
│ └── MonTheme
│ └── html.php
├── cms1/ (point d'entrée de ton Sous Domaine => cms1.domaine.fr )
├── cms2/ (point d'entrée de ton Sous Domaine => cms2.domaine.fr )
├── .../
└── MesScripts
└── script.js
Il te suffit d'ajouter une balise <script> dans le <head> de la template html.php qui ressemblera à :
<script src="http://domain.fr/MesScripts/script.js"></script>
Dans cette configuration tu ne peux atteindre tes répertoire parents depuis les enfants il faut donc utiliser ton domaine comme point d'entrée .
Est-ce-que ça répond à ta question, ou du moins t'offres des pistes de réflexions ?